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Cytoscape廣泛應用于生物信息學領域，它能夠幫助用戶處理、分析和可視化復雜的生物分子交互網(wǎng)絡，主要功能包括數(shù)據(jù)導入、網(wǎng)絡布局、節(jié)點和邊的屬性編輯、網(wǎng)絡查詢和搜索、網(wǎng)絡模塊檢測等，它支持多種數(shù)據(jù)格式，方便用戶導入不同的生物分子數(shù)據(jù)，是生物學研究的必備工具。
互操作性
由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由igraph或Bioconductor生成的網(wǎng)絡數(shù)據(jù)，Cytoscape可以將該文件以文本表的形式加載，并以PSI-MI格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。
從3.3版本開始，Cytoscape支持RESTfulAPI的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡，應用布局，或圖像導出。
會話文件
你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話(.cys)文件。Cytoscape會話文件包括網(wǎng)絡、屬性(節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡)、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風格。
布局
在二維空間布局網(wǎng)絡。有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導向、邊緣加權(quán)和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。
圖像導出
您可以將網(wǎng)絡導出為可發(fā)布的高質(zhì)量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過其他應用程序(如Adobe**)進行修改，以進一步增強。
VizMapper
使用強大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡上查看基因表達比和p值的疊加。表達數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點顏色、標簽、邊界厚度或邊界顏色等。
篩選
過濾網(wǎng)絡，以根據(jù)當前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點和/或相互作用的子集。例如，用戶可以根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點、共享特定GO注釋的節(jié)點，或在一個或多個條件下基因表達水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點。您可以從過濾結(jié)果中創(chuàng)建新的網(wǎng)絡。
檢索
從搜索窗口搜索目標節(jié)點和邊。Lucene語法支持任意復雜的查詢。
瀏覽
放大/縮小和平移瀏覽網(wǎng)絡。使用網(wǎng)絡管理器可以輕松組織多個網(wǎng)絡。而且這種結(jié)構(gòu)可以保存在會話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網(wǎng)絡。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(100,000+節(jié)點和邊)。
查找模塊/集群
尋找活躍的子網(wǎng)絡/途徑模塊。根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)對網(wǎng)絡進行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網(wǎng)絡，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達水平。每個子網(wǎng)絡中包含的相互作用為控制觀察到的表達變化的調(diào)控和信號傳導相互作用提供了假設。在任何加載到Cytoscape中的網(wǎng)絡中找到簇(高度相互連接的區(qū)域)。根據(jù)網(wǎng)絡的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡中的簇已被證明是蛋白質(zhì)復合物和途徑的一部分。蛋白質(zhì)相似性網(wǎng)絡中的簇代表蛋白質(zhì)家族。
應用管理器和應用商店
可用于網(wǎng)絡和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進行數(shù)據(jù)分析、導入和可視化。更多的Apps可以在CytoscapeAppStore中找到。你可以在AppManager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從AppStore中安裝(這是Cytoscape3的一個功能)。
Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來導航和查看網(wǎng)絡。ZUIs使用兩種導航機制:縮放和平移?？s放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來增加或減少視圖的放大
節(jié)點和邊緣列數(shù)據(jù)
交互網(wǎng)絡作為獨立的模型是有用的。然而，當與其他信息結(jié)合在一起時，它們對于回答科學問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點、邊緣和網(wǎng)絡信息作為節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中
Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫導入數(shù)據(jù)。另一個應用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應用程序。大多數(shù)應用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發(fā)的。
如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應用。
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